Det opprettes 5 ALIS-kontorer som til sammen skal dekke hele landet. Kontorene legges til Bodø, Trondheim, Bergen, Kristiansand og Hamar. De tre førstnevnte skal dekke kommunene i hhv. Helse-Nord, Helse Midt-Norge og Helse Vest. I Helse Sør-Øst er det gjort en desentralisert plassering av kontorene hhv. i Hamar (koordineringsansvar for Oslo) og Kristiansand. Disse kontorene må jobbe sammen for å dekke hele regionen inkludert samarbeid med Oslo.

De regionale ALIS-kontorene skal jobbe med å styrke, koordinere og legge til rette for spesialistutdanningen i allmennmedisin, blant annet i samarbeid med kommunene og helseforetakene i Norge.

Gjennom Forskrift om kompetansekrav for lege (kompetanseforskriften) og Spesialistforskriften har kommunene fått styrket sitt ansvar for spesialistutdanning av leger. Kompetanseforskriften setter blant annet krav til at alle leger med kliniske oppgaver i kommunen skal være spesialister eller under spesialisering i allmennmedisin (kompetanseforskriften §3).

Spesialistforskriften regulerer gjennomføringen av utdanningen. Alle kommuner med leger i spesialiseringens del 2 og 3 skal være registrerte utdanningsvirksomheter og tilby helhetlig utdanningsløp og veiledning (spesialistforskriften § 19).

ALIS- kontorene skal rådgi og bistå kommunene i planlegging, etablering og oppfølging av utdanningen for allmennlegene. Slik skal ALIS-kontorene bidra til rekruttering og tilrettelegging for spesialisering, samt trygghet for legen gjennom spesialiseringsløpet.